為強化本所在使用USB儲存媒體時之資料安全性，避免因人為使用上之疏忽，造成資安漏洞。本所通過實施「USB儲存媒體使用管理規範」，以提升本所在USB儲存媒體之使用安全性。因為使用可攜式的USB儲存媒體進行資料的存取與交換，是除網路之外，目前最主要的工具。其使用方便、操作容易的特性，卻暗藏不可忽視的危機。隨著技術的進步，可攜式的USB儲存媒體的容量不斷增加，售價也越來越便宜，一隻大容量的隨身碟，即可快速存取大量的資料，甚至是一個完整資料庫的檔案，並輕易的帶離單位的辦公室，是造成單位資料外洩的原因之一。
另猖獗的USB惡意病毒，亦為本所管理USB埠另一個原因，使用者於電腦上使用中毒的可攜式USB儲存媒體，該電腦就會遭受病毒感染，並自動安裝惡意程式於作業系統中運作，如果這台中毒的電腦，有使用其他的USB儲存媒體，也會因此而中毒。有些病毒甚至能透過區域網路擴散至辦公室其他電腦。因此，控管可攜式的USB儲存媒體如果不夠嚴謹，將會形成資安大漏洞。
為防範資料的外洩及USB病毒的危害，管制使用可攜式的USB儲存媒體已是必要之手段。USB儲存媒體管制措施有三種，第一種是透過電腦主機板之BIOS設定，停用USB埠的功能；第二種是修改電腦作業系統之設定，停用USB埠的功能；最後一種是以市售的應用程式，管理單位每台電腦的USB埠使用情形。
為兼顧本所同仁使用上的便利與資訊安全，本所以市售應用程式，進行USB儲存媒體之管理，優點為適時開放使用USB埠之權限，管控透過USB埠之資料存取，並記錄每台電腦的USB埠使用情形。控管範圍為本所配發之公務電腦中所存放的所有檔案，同仁使用USB儲存媒體時，需填寫相關申請單，經核准後才可進行資料存取，且機敏性檔案另需加密以防止資料外洩。同仁進行資料存取前，需以本所之防毒軟體進行掃描確認其不含病毒與惡意程式，方可進行資料存取作業，並於作業完成後徹底刪除USB儲存媒體上之相關資料，以避免資料洩露。
於本所電腦中所使用之USB儲存媒體，皆由本所USB儲存媒體管理程式以加密方式進行控管。因為造成單位資料經由USB埠外洩，除了遭受刻意竊取外，遺失USB儲存媒體為另一個主因。所以除了USB埠之使用管制外，被存取資料之加密，更顯其重要性，當檔案寫入USB儲存媒體的時候，透過本所管理程式對存取之檔案進行加密，如果開啟檔案之設備非本所之公務電腦，檔案開啟後將呈現亂碼且無法編輯使用，在USB儲存媒體不慎遺失之後，可避免裡頭存放的資料遭到洩露。